Για δεκαετίες το θέμα της επαναλειτουργίας της Θεολογικής Σχολής της Χάλκης απασχολεί διεθνείς φορείς, και την ελληνική κυβέρνηση, που όμως συναντούν εμπόδια και επι της ουσίας, ένα αδιαπέραστο τείχος από τις τουρκικές κυβερνήσεις, που με δικαιολογία ένα νόμο περι απαγόρευσης ιδιωτικών πανεπιστημίων στη χώρα, κρατάει κλειστή τη σχολή από το 1971.
Μάταια η Ευρωπαϊκή Ένωση, προσπαθεί να πιέσει την Τουρκία, ακόμα και τερματισμό των διαπραγματεύσεων ένταξης στην Ε.Ε., ακόμα και ο Μπιλ Κλίντον προσωπικά είχε ζητήσει από τους Τούρκους να ανοίξουν ξανά τη σχολή.
Μια σχολή κόσμημα που φιλοξενούσε όχι μόνο γηγενείς Έλληνες, αλλά και Ορθόδοξους Χριστιανούς από όλο τον κόσμο, προσδίδοντας στη σχολή έναν διεθνή χαρακτήρα.
Από τις τάξεις της έχουν περάσει δεκάδες ισχυρές φυσιογνωμίες της ιερατικής ζωής, με τον Πατριάρχη Βαρθολομαίο να είναι ο τελευταίος πατριάρχης που φοίτησε στη σχολή της Χάλκης.
Επί εποχής Ερντογάν έχουν γίνει κάποια βήματα με θετικό πρόσημο, όπως η επιστροφή της ακίνητης περιουσίας στο Πατριαρχείο, αλλά ακόμη οριστικό τέλος δεν έχει δοθεί, και πολλές φορές η επαναλειτουργεία της αποτελεί ισχυρό διαπραγματευικό χαρτί των Τούρκων, σε εκάστοτε διπλωματικές υποθέσεις τους.