Τον χειμώνα του 1824-1825 ο Ιμπραήμ Πασάς αποβιβάστηκε στην Πελοπόννησο. Η Επανάσταση περνούσε δύσκολες στιγμές. Τότε ο Παπαφλέσσας με τους άνδρες του οχυρώθηκαν στο Μανιάκι. Στην άνιση μάχη που ακολούθησε, ο Παπαφλέσσας έχασε τη ζωή του.
Αφού κατέστειλαν την επανάσταση στην Κρήτη και κατέστρεψαν την Κάσο και τα Ψαρά, οι αιγυπτιακές δυνάμεις κινήθηκαν προς την Πελοπόννησο. Τον χειμώνα του 1824-1825 ο γιος του Μεχμέτ Αλή, Ιμπραήμ Πασάς, αποβιβάστηκε στη Μεθώνη με πολύ στρατό και εφόδια.
Την ίδια στιγμή οι Έλληνες επαναστάτες είχαν διχαστεί από τις εμφύλιες διαμάχες για την εξουσία, με αποκορύφωμα τη φυλάκιση του Κολοκοτρώνη και άλλων γνωστών οπλαρχηγών. Καθώς ήταν απροετοίμαστοι, δεν μπόρεσαν να συγκρατήσουν τα τουρκοαιγυπτιακά στρατεύματα.
Με ορμητήριο τη Μεθώνη, ο Ιμπραήμ και οι Γάλλοι σύμβουλοι και επιτελείς του επιχείρησαν να καταλάβουν τον όρμο του Ναυαρίνου, για την ασφάλεια των πλοίων τους. Στη συνέχεια, τα τουρκοαιγυπτιακά στρατεύματα περικύκλωσαν τα κάστρα χρησιμοποιώντας κανόνια και ανάγκασαν τους πολιορκημένους να τα παραδώσουν.
Μπροστά στον κίνδυνο να σβήσει η Επανάσταση, ο υπουργός των Εσωτερικών Παπαφλέσσας ζήτησε από την κυβέρνηση την αποφυλάκιση των οπλαρχηγών. Ο ίδιος πήγε στη Μεσσηνία και οχυρώθηκε με τους άνδρες του στο ορεινό χωριό Μανιάκι, αποφασισμένος να μην αφήσει τον Ιμπραήμ να περάσει στο εσωτερικό της Πελοποννήσου. Δίνοντας άνιση μάχη, στα τέλη Μαίου του 1825, ο Παπαφλέσσας και οι συμπολεμιστές του πολέμησαν γενναία και έχασαν τη ζωή τους.
Μετά τη μάχη στο Μανιάκι, η κυβέρνηση αποφάσισε γενική αμνηστία. Οι φυλακισμένοι οπλαρχηγοί ελευθερώθηκαν και ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης διορίστηκε αρχιστράτηγος. Ο Ιμπραήμ, ανεμπόδιστος, έφτασε στην Τριπολιτσά και δύο ημέρες μετά προχώρησε εναντίον του Ναυπλίου, της πρωτεύουσας των επαναστατών. Συγκρούστηκε όμως στους Μύλους της Αργολίδας με ελληνικές στρατιωτικές δυνάμεις, που είχαν επικεφαλής τον Υψηλάντη και τον Μακρυγιάννη, και επέστρεψε στην Τριπολιτσά.
Ο Κολοκοτρώνης για ν' αντιμετωπίσει τον στρατό του Ιμπραήμ, που ήταν οργανωμένος σύμφωνα με ευρωπαϊκά πρότυπα, επέλεξε την τακτική του κλεφτοπόλεμου. Έλληνες ένοπλοι έκαναν αιφνιδιαστικές επιθέσεις κατά τις νυχτερινές κυρίως ώρες και προκαλούσαν στον εχθρό μεγάλες φθορές. Όμως είχε γίνει φανερό πως ο τρόπος αυτός του πολέμου δεν ήταν πλέον αποτελεσματικός. Έτσι, η επαναστατική Κυβέρνηση ανέθεσε την οργάνωση τακτικού στρατού στον Γάλλο συνταγματάρχη Κάρολο Φαβιέρο.