Ο νεώτερος ναός του Edfu είναι σε ένα αρχαίο Αιγυπτιακό τόπο, το κοπτικό Atbo, από τον οποίο προέρχεται το σύγχρονο όνομα. Όταν οι Έλληνες κατέλαβαν την Αίγυπτο από τους Πέρσες το ονόμασαν Ἀπόλλωνος πόλις και τἠν κατέστησαν πρωτεύουσα του δεύτερου νομού της Άνω Αιγύπτου. Σύμφωνα με το μύθο, ο θεός Horus με το σαλιγκάρι πολέμησε μια από τις μεγάλες μάχες του με τον θεό του κάτω κόσμου Seth εκεί. Στην Πτολεμαϊκή εποχή ο παλαιός θεός Ὠρος αδελφοποιήθηκε με τον Έλληνα θεό Απόλλωνα για να γίνει ο Ὡραπόλλων.
Οι Ελληνικές πόλεις βρίκονταν κυρίως πάνω στο Δέλτα όπου και το μεγαλύτερο μέρος του Ελληνικού πληθυσμού· ~300.000 έναντι ~10.000.000 Αιγυπτίων. Παραταύτα ακόμα και τον 6ο μ.Χ τα ελληνικά ομιλούντο ως δεύτερη γλώσσα ακόμα και στις μακρυνές πόλεις της Άνω Αιγύπτου.
Το πίσω μέρος του συγκροτήματος, ο ίδιος ο ναός, ξεκίνησε το 237 π.Χ., υπό την εποπτεία του Πτολεμαίου Ευεργέτη και ολοκληρώθηκε το 212 π.Χ. υπό τον διάδοχό του Πτολεμαίο Φιλοπάτορα. Η διακόσμηση των τοίχων με ανάγλυφα και επιγραφές, που διακόπτεται κατά τη διάρκεια της ταραγμένης βασιλείας του Επιφάνη, επαναλήφθηκε από το 176 π.Χ. από τον Φιλόμετρο και τελείωσε το 147 π.Χ. κατά τη διάρκεια της βασιλείας του Ευεργέτη Φύσκωνος, ακριβώς 90 χρόνια μετά την τοποθέτηση της πέτρας θεμελίωσης.
Ο Φύσκων πρόσθεσε επίσης το μεγάλο προθάλαμο (που ολοκληρώθηκε το 122 π.Χ.) και το διακοσμούσε με ανάγλυφα. Κατά τη διάρκεια της βασιλείας του Πτολεμαίου Λαθύρου και Πτολεμαίου Αλεξάνδρου, χτίστηκαν το προαύλιο με τις κιονοστοιχίες του, οι τοίχοι του περίχωρου και ο πυλώνας, αλλά ο πυλώνας ήταν διακοσμημένος με ανάγλυφα μόνο κατά τον Πτολεμαίο Νέο Διονύσιο, σε οικοδομικές εργασίες το 57 π.Χ.