Η αγωνία κορυφώνεται και για τον αριθμό των αγνοουμένων, οι οποίοι δεν μπορούν να καταμετρηθούν καθώς ήταν άγνωστα τα στοιχεία των επιβατών, αφού στα εισιτήρια δεν αναγράφονταν τα ονόματά τους. Σύμφωνα με τις έως τώρα πληροφορίες οι αγνοούμενοι είναι τουλάχιστον πενήντα.
Ο επικεφαλής της ΕΜΑΚ στα Τέμπη μιλώντας στο Newsbomb.gr ανέφερε ότι «Δεν γνωρίζουμε τον ακριβή αριθμό των αγνοουμένων καθώς δεν έχουμε τα στοιχεία τους. Δύο γερανοί θα σηκώσουν τις αμαξοστοιχίες για να δουν εάν υπάρχουν άνθρωποι κάτω από αυτές».
Oι οικογένειες των αγνοουμένων και των θυμάτων βρίσκονται στο Γενικό Νοσοκομείο της Λάρισας και στα άλλα νοσοκομεία της πόλης περιμένοντας να μάθουν για τους δικούς τους ανθρώπους, εάν είναι ανάμεσα στους νεκρούς ή στους αγνοουμένους. Ψυχολόγοι βρίσκονται δίπλα τους προκειμένου να τους βοηθήσουν να αντιμετωπίσουν τις τραγικές στιγμές που βιώνουν. Οι σκηνές που εκτυλίσσονται είναι δραματικές, με τους γιατρούς να φωνάζουν ονόματα με τους συγγενείς και τις οικογένειες να περιμένουν να ενημερωθούν για την τύχη των δικών τους ανθρώπων. Όσοι δεν ακούνε όνομα συνεχίζουν να δίνουν στοιχεία στις αρχές τα οποία μπορεί να φανούν χρήσιμα, όπως το χρώμα μαλλιών ή τα χαρακτηριστικά ενδυμασίας που ενδέχεται να φορούσαν στο μοιραίο ταξίδι.
Οι επιβάτες στο τρένο ήταν 342, ωστόσο μέχρι να ξεκινήσουν οι ταυτοποιήσεις και οι μεταφορές των συντριμμιών σε άλλα σημεία είναι δύσκολο για τους διασώστες να γνωρίζουν πόσοι ακόμα βρίσκονται κάτω από τα χαλάσματα του τρένου. Δυστυχώς οι ελπίδες μειώνονται ώρα με την ώρα καθώς τα τελευταία βαγόνια έχουν εκκενωθεί όμως τα τρία πρώτα έχουν γίνει μια άμορφη μάζα.