Ο λόφος της Κολώνας αποτελούσε την Ακρόπολη του νησιού από τους προϊστορικούς χρόνους (3000 π.Χ.) κι ακόμα νωρίτερα μέχρι τους αρχαϊκούς χρόνους οπότε και λατρευόταν ως τόπος ιερός.
Στην πόλη της Κολώνας υπήρχε πρωτοελλαδικός και μεσοελλαδικός οικισμός, κτίσματα της μυκηναϊκής εποχής, τείχη διαφόρων περιόδων, πύργοι, μόλοι, υδραγωγεία, ο ναός του Απόλλωνα, ίσως ο ναός του Ποσειδώνα, οι ναοί της Θεσμοφόρου Δήμητρας, της Άρτεμης, του Διονύσου και της Εκάτης, το Βουλευτήριο, το Αιάκειο, το Αττάλειο, το Θέατρο, το Στάδιο και αρκετοί εντυπωσιακοί τάφοι. Ο αρχαιολογικός χώρος της Κολώνας βρίσκεται σε πολύ μικρή απόσταση από το λιμάνι της Αίγινας.