Στη Μαραθοκεφάλα, λίγο πιο πάνω από τις βίλες, βρίσκεται ένα σπήλαιο στο οποίο είναι χτισμένο μέσα ένα εκκλησάκι του 15ου αιώνα αφιερωμένο στον Άγιο Ιωάννη τον Ερημίτη. Το Σπήλαιο του Αγίου Ιωάννη του Ερημίτη ή του Ξένου βρίσκεται πάνω από το Φαράγγι Αυλάκι του Ακρωτηρίου Χανίων.
Μια ιστορία λέει ότι πέρασε από τη σπηλιά ο Άγιος Ιωάννης διψασμένος αναζητώντας να πιεί νερό. Επειδή δεν έβρισκε έβαλε το σπαθί του βαθιά μέσα στο βράχο από όπου και βγήκε νερό το οποίο τρέχει μέχρι και σήμερα.
Μια άλλη ιστορία αναφέρει ότι ο Άγιος Ιωάννης ήρθε από την Αίγυπτο με άλλους 98 Θεοφόρους Πατέρες και εγκαταστάθηκε στον Αζωγυρέ Σελίνου. Όταν άρχισε να διαδίδεται η φήμη του ως θαυματουργός και να συρρέουν πλήθη στον Αζωγυρέ, αποφάσισε να αποχωριστεί από τους υπόλοιπους Πατέρες και να αποσυρθεί σε κάποιο απόμερο σημείο, όπου θα μπορούσε με απόλυτη ηρεμία να αφιερωθεί στο Θεό. Αρχικά εγκαταστάθηκε στο Σπήλαιο της Μαραθοκεφάλας, αλλά όταν κι εκεί έγινε γνωστή η παρουσία του, αποσύρθηκε στο σημείο που είναι κτισμένη η μονή καθολικού στο Ακρωτήρι.
Ο Άγιος Ιωάννης φέρεται να είναι και ο ιδρυτής της Μονής Καθολικού, μια από τις αρχαιότερες μονές της Κρήτης. Λένε πώς καθώς προσευχόταν μέσα στο σπήλαιο, χτύπησε με το ραβδί του τον βράχο κι από τότε αναβλύζει αγιασμένο νερό που δε στερεύει ποτέ. Τυφλοί, κωφοί, νεφροπαθείς έχουν δει γιατρειά με αυτό το «αγιασμένο» νερό.
Κάθε χρόνο την παραμονή των Χριστουγέννων πραγματοποιείται από τους πολίτες του χωριού η πλήρης αναπαράσταση της γέννησης του Χριστού.
Άγιος Ιωάννης ο Ερημίτης ο βίος του
Η ιστορία αναφέρει ότι ο Άγιος Ιωάννης ήρθε από την Αίγυπτο με άλλους 98 Θεοφόρους Πατέρες και εγκατατάθηκε στον Αζωγυρέ Σελίνου. Όταν άρχισε να διαδίδεται η φήμη του ως θαυματουργός και να συρρέουν πλήθη στον Αζωγυρέ, αποφάσισε να αποχωριστεί από τους υπόλοιπους Πατέρες και να αποσυρθεί σε κάποιο απόμερο σημείο, όπου θα μπορούσε με απόλυτη ηρεμία να αφιερωθεί στο Θεό. Αρχικά εγκαταστάθηκε στο Σπήλαιο της Μαραθοκεφάλας, αλλά όταν κι εκεί έγινε γνωστή η παρουσία του, αποσύρθηκε στο σημείο που είναι κτισμένη η μονή Καθολικού στο Ακρωτήρι.
Ασκήτευε στην περιοχή ζώντας γυμνός και περιφερόμενος σαν το αγρίμι μέσα στα βράχια. Έτρωγε χόρτα και χαρούπια για να επιβιώσει. Οι κακουχίες της ζωής του, κούρασαν το κορμί του και μην μπορώντας να περπατάει, τριγυρνούσε σκυφτός. Μια μέρα, ένας κυνηγός τον χτύπησε κατά λάθος με τα βέλη του, περνώντας τον για ζώο, και εκείνος λίγο πριν πεθάνει χτυπημένος, ζήτησε από τον κυνηγό να τον μεταφέρει μέσα στο σπήλαιο για να πεθάνει. Έτσι λέγεται πως βρέθηκαν τα οστά του σε εκείνο το σημείο στο βάθος της σπηλιάς, στο «Κρεβάτι του Άη Γιάννη». Στον βράχο αυτό αποδίδουν θεραπευτικές ιδιότητες και πολλοί συνήθιζαν να σπάνε κομμάτια του για φυλαχτό.
Το εκκλησάκι του Αγίου είναι κτισμένο στα δεξιά της εισόδου κι εορτάζει στις 7 Οκτωβρίου.