Δύο Ταξιάρχες από τις αλησμόνητες πατρίδες γιορτάζουν σήμερα. Ο Ναός των Παμμεγίστων Ταξιαρχών Κυδωνιών (Αϊβαλιού - Ayvalik) και ο μητροπολιτικός στο κεντρικό Μοσχονήσι (Cunda).
Πλήθος πιστοί συνέρρεαν στη γιορτή της Σύναξης των Αρχαγγέλων Μιχαήλ και Γαβριήλ τις εποχές που οι Κυδωνίες και το απέναντι νησί, το Μοσχονήσι, κατοικούνταν σχεδόν εξ ολοκλήρου από ελληνικό πληθυσμό. Η καρδιά της Αιολίας, η αιολική γη του Βενέζη και του Κόντογλου, χτυπούσε στους παλμούς της βαθιάς πίστης των χριστιανών όλης της περιοχής και της χαράς για το αντάμωμά τους.
Παμμέγιστοι Αρχάγγελοι Μιχαήλ και Γαβριήλ Κυδωνιών
Ο ιερός ναός των Ταξιαρχών, η πάλαι ποτέ Μητρόπολη του Αϊβαλιού, βρίσκεται στην παλαιότερη συνοικία της πόλης. Χτίστηκε πριν από την πρώτη καταστροφή της πόλης το 1821 και επισκευάστηκε το 1860. Το 1922 οι Τούρκοι την μετέτρεψαν σε αποθήκη καπνού, κι όσο και αν αυτό ακούγεται περίεργο, ήταν ακριβώς η κατάσταση αυτή που επέτρεψε να διατηρηθούν οι τοιχογραφίες και σημαντικό κομμάτι από τα ξύλινα μέρη του ναού. Ο ναός είχε συληθεί επανειλημμένα, αλλά η πρόσφατη ανακαίνισή του είναι εντυπωσιακή (αν και κραυγαλέα).
Ο ναός χρησιμοποιείται για συναυλίες και άλλες εκδηλώσεις, όπως αυτή του Φεστιβάλ Λαδιού που τελείωσε πριν από λίγες ημέρες.
Πέρυσι, μολονότι το Οικουμενικό Πατριαρχείο είχε προωθήσει αίτημα προς την τουρκική κυβέρνηση για τέλεση λειτουργίας στον ανακαινισμένο ναό, οι αρμόδιες υπηρεσίες του υπουργείου Πολιτισμού της Τουρκίας το αρνήθηκαν. Ο κ. Βαρθολομαίος δεν μετέβη στο Αϊβαλί, ο Μητροπολίτης Κυδωνιών Αθηναγόρας όμως τελικά ενθρονίστηκε και τέλεσε λειτουργία σε αίθουσα ξενοδοχείου, με πάνω από 1.000 παριστάμενους, οι περισσότεροι από τους οποίους κάτοικοι Λέσβου.
Ο Πατριάρχης είχε λειτουργήσει στο Ναό το 2000, πριν αυτός ανακαινισθεί.
Ο Ταξιάρχης στο Μοσχονήσι
Από τα σημαντικότερα μνημεία του νησιού, η βυζαντινή εκκλησία του Αγίου Νικολάου είναι γνωστή ως Ταξιάρχης και χτίστηκε το 1873. Ο ναός είναι βυζαντινού ρυθμού μετά τρούλου, χτίστηκε από κόκκινο τραχείτη (ηφαιστειογενές πέτρωμα που μεταφέρθηκε από το Σαμουρσάκ) και ήταν η Μητρόπολη του νησιού.
Τρομερούς βανδαλισμούς υπέστη το 1922, ενώ τη χαριστική βολή έδωσε ο σεισμός του 1924. Η εκκλησία έμεινε για δεκαετίες εγκαταλειμμένη και δεν ήταν επισκέψιμη γιατί απειλείτο με κατάρρευση. Μέσα στα ιερά σπαράγματα, ωστόσο, έγινε λειτουργία (η πρώτη μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή) το 1997, ενώ ο Πατριάρχης χειροτόνησε εκεί τον Μητροπολίτη Μοσχονησίων Απόστολο, μέχρι τότε Σχολάρχη της Θεολογικής Σχολής της Χάλκης.
Ο ναός εντέλει ανακαινίστηκε από το τουρκικό Πολιτιστικό Ίδρυμα Κοτς, που μίσθωσε από το τουρκικό Δημόσιο την εκκλησία για 50 χρόνια και με δαπάνες του τον αναστήλωσε. Εγκαινιάστηκε ως μουσείο φέτος στις 31 Μαΐου. Η τεράστια καμπάνα του ναού βρίσκεται στο Μουσείο της Περγάμου στο Βερολίνο.