Ὁ αὐτοκράτορας ἐκτίμησε τὰ σωματικὰ καὶ πνευματικὰ χαρίσματα τοῦ Νικολάου καὶ τὸν διόρισε διοικητὴ τοῦ στρατιωτικοῦ σώματος ποὺ ἕδρευε στὴ Λάρισα. Κατὰ τὴν περίοδο ποὺ ὁ αὐτοκράτορας βρισκόταν σὲ ἐκστρατεία στὴν Ἀνατολή, οἱ Ἄραβες βρῆκαν τὴν εὐκαιρία νὰ ἐπιτεθοῦν στὰ ἐδάφη
τῆς Θεσσαλίας. Ἐπέδραμαν καὶ κατὰ τῆς πόλεως τῆς Λάρισας, τὴν λεηλάτησαν καὶ κατέσφαξαν τὸν πληθυσμό της. Ὁ Νικόλαος μαζὶ μὲ τοὺς στρατιῶτες τοῦ ἔκρινε ὅτι δὲν εἶναι ὀρθὸ νὰ παραμείνει στὴν Λάρισα καὶ κινήθηκε πρὸς τὸ ὅρος Τέρναβον. Ἀφοῦ ἀνασυντάχθηκαν ὡς στρατιωτικὸ σῶμα, ξεκίνησαν τὸν ἀγώνα ἐναντίον τῶν Ἀράβων. Ἀρχικὰ σημείωσαν ἐπιτυχίες, γρήγορα ὅμως περικυκλώθηκαν καὶ συνελήφθησαν ἀπὸ τοὺς ἐχθρούς.
Ὁ μόνος ποὺ κατόρθωσε νὰ διαφύγει ἦταν ὁ Νικόλαος. Οἱ ὑπόλοιποι ὑπεβλήθησαν σὲ βασανιστήρια γιὰ νὰ ἀρνηθοῦν τὴν πίστη τους, καὶ ἐπειδὴ παρέμειναν πιστοὶ στὸ τέλος θανατώθηκαν. Ὁ Νικόλαος μετὰ ἀπὸ περιπλάνηση ἔφθασε στὸ ἀλσῶδες ὅρος τῶν Βουναίνων, ὅπου διέμεινε προσευχόμενος καὶ λατρεύοντας τὸν Κύριο Ἰησοῦ Χριστό. Σύντομα ὅμως οἱ Ἄραβες ἀνακάλυψαν τὸ μέρος ποὺ κρυβόταν ὁ Νικόλαος. Ἀφοῦ τόν κατατρύπησαν μέ τό ἴδιο το κοντάρι του, στή συνέχεια ἀπέκοψαν τήν τιμία του κεφαλή στίς 9 Μαΐου τοῦ 720 μ.Χ. καί τό νεανικό αἷμα του πότισε ἄφθονα τήν Θεσσαλική γῆ. Στό σημεῖο τοῦ μαρτυρίου ἐγκατέλειψαν οἱ Ἄβαροι το Σῶμα τοῦ Ἁγίου, ὅπου μετά ἀπό πολλά χρόνια τό βρῆκε ἀκέραιο καί εὐωδιάζον κάποιος ἄρχοντας Εὐφημιανός, ὁ ὁποῖος γιατρεύθηκε ἀπό τήν ἀσθένεια τῆς λέπρας πού ἔπασχε καί ἀφοῦ τό ἐνταφίασε, ἔκτισε ἐκεῖ Ναό στό ὄνομα τοῦ Ὁσιομάρτυρα.
Τό λείψανο τοῦ Ἁγίου μέ εὐλάβεια φυλάσσεται στόν Ἱερό Ναό τοῦ Ἁγίου Νικολάου τοῦ Νέου στήν Θήβα (συνοικία Τάχι). Ἡ δέ ἁγία καί θαυματουργός Κάρα του, καθώς καί κάποιο τεμάχιο τοῦ λειψάνου του, βρίσκονται στήν Ἱερά Μονή τοῦ Ἁγίου Νικολάου στό νησί τῆς Ἄνδρου, κοντά στό χωριό Ὧρες. Πολλοί δέ Ναοί, πρός τιμήν τοῦ Ὁσιομάρτυρος, ὑπάρχουν σέ πολλά μέρη τῆς πατρίδος μας.
Μέσα στόν νέο ναό τοῦ Ἁγίου Νικολάου στά Βούνενα, ὑπάρχει ὁ τάφος τοῦ.
Δικαίως λοιπόν καί στό Ἀπολυτίκιο ἀποκαλεῖται ὁ Ὁσιομάρτυρας Νικόλαος ὁ Νέος :
Τά δέντρα πού αἱμορραγοῦν
Ἀπό τά δένδρα στά ὁποῖα δέθηκε καί βασανίσθηκε ὁ Ἅγιος ρέει ἕνα κόκκινο ὑγρό το ὁποῖο ὀνομάζεται «αἷμα». Τό αἷμα αὐτό τρέχει ἀπό τούς κορμούς μερικῶν δένδρων, στά ὁποῖα ἐσφαγίασαν τούς συνασκητάς τοῦ Ἁγίου καί ἐπίσης πλημμυρίζει τή ρίζα ἑνός κομμένου δένδρου, ὅπου κατά τήν παράδοση βασάνισαν τόν Ἅγιο. Τό ὑγρό αὐτό«αἷμα» ὅταν χρησιμοποιεῖται μέ πίστη καί ἐμπιστοσύνη στόν Ἅγιο καίὉσιομάρτυρα ἔχει ἰαματικές ἰδιότητες καί ἐπιτελεῖ θαύματα σέ πάσχοντες ἀπό δερματικές παθήσεις καί πόνους τῆς κεφαλῆς. Τό «αἷμα» ἀρχίζει νά τρέχει τό ἀπόγευμα τῆς 8ης Μαΐου, παραμονή τῆς μνήμης του καί συνεχίζει τή θαυμαστή ἐμφάνισή του, μέχρι τό πρωί τῆς ἑορτῆς του, 9 Μαΐου. Εὐλαβεῖς χριστιανοί πού τό γνωρίζουν, πηγαίνουν ἐκεῖ τήν παραμονή καί συγκεντρώνουν μέσα σέ μπουκάλια, ἤ μαζεύουν μέ βαμβάκι τό τρεχούμενο θαυμαστό «αἷμα» γιά νά τό μοιράσουν, σάν εὐλογία, στούς γνωστούς τους.
Τό δέ βράδυ, κάνουν ἀγρυπνία, γιά τή γιορτή τοῦ Ἁγίου. Πολλοί μάλιστα ἀπό αὐτούς, ἔχουν παρατηρήσει, ὅτι στίς 5 ἡ ὥρα, τό πρωί τῆς μνήμης του, στό μέρος τῶν δένδρων, ἀκούγεται ἕνα θαυμαστό βουητό, σέ μιά ἀκτίνα 10 μέτρων καί γιά 10 λεπτά, περίπου. Ἐπίσης καί τό Ἁγίασμα τῆς πηγῆς, δέν τρέχει πάντοτε, τρέχει ὅμως ἐκεῖνες τίς ἡμέρες, ὅταν τρέχει καί τό «αἷμα».
Ἐξ’ ἄλλου τά τάματα, τά χρυσαφικά καί τά ἀφιερώματα πού στολίζουν τό εἰκόνισμά του, ἐκπροσωποῦν τά θαύματα καί τίς εὐεργεσίες πού ἐπιτέλεσε καί συνεχίζει νά ἐπιτελεῖ σέ ἐκείνους πού τόν ἐπικαλέστηκαν καί τόν ἐπικαλοῦνται. Ἐπίσης στόν ναό ὑπάρχει καί βιβλίο τό ὁποῖο συμπληρώνεται ἀπό ἐπισκέπτες καί μέσα καταγράφονται ἀρκετά θαύματα ἐπωνύμων καί ἀνωνύμων συνανθρώπων μας.
Σήμερα στό μέρος αὐτό, κοντά στό χωριό Βούνενα, μισή ὥρα ἔξω ἀπό τή Λάρισα, ὑπάρχει νέος Ναός, ἐντός του ὁποίου βρίσκεται καί ὁ τάφος τοῦ Ἁγίου.
