Το πρωί της 10ης Ιουνίου 1944 γερμανική στρατιωτική φάλαγγα των Ες-Ες ξεκίνησε από τη Λιβαδειά για την Αράχωβα, με σκοπό την εκκαθάριση της περιοχής από τις αντάρτικες δυνάμεις. Στο Δίστομο ενώθηκε με άλλη γερμανική ομάδα που είχε ξεκινήσει από την Άμφισσα και προχώρησαν προς το Στείρι. Οι κάτοικοι έλαβαν εντολή να μην απομακρυνθούν από το χωριό, μέχρι την επιστροφή των γερμανικών δυνάμεων.
Στη θέση Καταβόθρα οι Γερμανοί δέχθηκαν επίθεση από αντάρτες του ΕΛΑΣ. Μετά από σύντομη, αλλά σφοδρή μάχη, αναγκάστηκαν να υποχωρήσουν, αφήνοντας στο πεδίο της μάχης 15 νεκρούς και άλλους τόσους τραυματίες. Οι γερμανικές απώλειες ανήλθαν σε 6 νεκρούς και 15 τραυματίες.
Οι Γερμανοί απέδωσαν την επίθεση του ΕΛΑΣ σε ειδοποίηση των κατοίκων του Διστόμου και επέστρεψαν στο χωριό για να εκδικηθούν. Με διαταγή του διοικητή τους, υπολοχαγού Χανς Ζάμπελ, το Δίστομο πυρπολήθηκε και 218 κάτοικοι (114 γυναίκες και 104 άνδρες) εκτελέστηκαν απάνθρωπα. Μεταξύ των νεκρών, 45 παιδιά και έφηβοι και 20 βρέφη.
Η πρωτοφανής θηριωδία έγινε αμέσως γνωστή μέσω του BBC στο εξωτερικό και προκάλεσε την κατακραυγή της διεθνούς κοινής γνώμης. Η Γερμανική Διοίκηση της Αθήνας επέρριψε την ευθύνη αποκλειστικά στους κατοίκους του Διστόμου, επειδή, όπως ανέφερε σε ανακοίνωσή της, δεν συμμορφώθηκαν με τις στρατιωτικές εντολές.
Μετά την αποχώρηση των Γερμανών από την Ελλάδα, το Ελληνικό Γραφείο Εγκληματιών Πολέμου μπόρεσε να ανακαλύψει τον υπεύθυνο της Σφαγής, Χανς Ζάμπελ, ο οποίος είχε καταφύγει στο Παρίσι και είχε συλληφθεί. Οι γαλλικές αρχές τον παρέδωσαν στις ελληνικές, οι οποίες τον προφυλάκισαν.
Τον Αύγουστο του 1949 ομολόγησε την έκταση των γερμανικών θηριωδιών στο Δίστομο, αλλά δικαιολογήθηκε ότι εκτελούσε διαταγές ανωτέρων του. Κατά τη διάρκεια της προφυλάκισής του, ο Ζάμπελ εκδόθηκε προσωρινά στη Δυτική Γερμανία για άλλη υπόθεση, αλλά δεν επέστρεψε ποτέ στην Ελλάδα για να αντιμετωπίσει τις συνέπειες των πράξεών του.
Ο παπάς του χωριού, εθνομάρτυρας π. Σωτήρης Ζήσης
Όπως αναφέρει ο θεολόγος-συγγραφέας Νίκος Νικολάου,ο π. Σωτήρης υπήρξε «συνειδητός λειτουργός και μεγάλος πατριώτης. Πάντα φρόντιζε για την πνευματική προκοπή του ποιμνίου του και αγωνιζόταν για την πολυπόθητη ελευθερία της πατρίδας του. Στις 10 Ιουνίου του 1944,οι χιτλερικοί συνέλαβαν 10 κατοίκους του μαρτυρικού Διστόμου ,με σκοπό να τους εκτελέσουν… ο π. Σωτήρης μόλις πληροφορήθηκε τη σύλληψη…έτρεξε κοντά τους και γεμάτος από δάκρυα γονατισμένος παρακαλούσε τους θηριώδεις χιτλερικούς Γερμανούς να τους αφήσουν ελεύθερους… Οι ναζίδες Γερμανοί ,μ’όλο που προσπειούνταν πως πείσθηκαν..αθέτησαν την υπόσχεσή τους. Και όχι μόνο τους σκότωσαν, αλλά έβγαλαν και τα μάτια του π. Σωτήρη, του έκοψαν το κεφάλι και σκότωσαν το μόλις δύο ετών κοριτσάκι του παπά.»
Επίσης, σε παλαιότερο αφιέρωμά της η εφημερίδα «Ορθόδοξη Αλήθεια» εντόπισε και τον άνθρωπο που γνώριζε καλά τον πατέρα Σωτήρη Ζήση, αφού ήταν τότε παπαδάκι στον Ιερό Ναό του Αγίου Νικολάου Διστόμου.
Ο 87χρονος σήμερα Γιάννης Μίχας μίλησε για τον παπα-Σωτήρη που γνώρισε, και συγκινημένος επιβεβαίωσε την άγνωστη ιστορία του. «Τον παπα-Σωτήρη τον γνώριζα πολύ καλά, γιατί εγώ ήμουνα από μικρό παιδί παπαδάκι στην εκκλησία» αναφέρει, ανασύροντας από τη μνήμη του τα φρικιαστικά γεγονότα των ημερών.
«Ηταν ένας εξαιρετικός άνθρωπος, έβαζε τους άλλους πάνω από τον εαυτό του. Οπου πήγαινε ο παπα-Σωτήρης να αγιάσει με έπαιρνε μαζί του. Τον σκότωσαν στην κάτω πλατεία, αφού τον βασάνισαν πρώτα. Ηταν αρκετά χρόνια ιερέας εδώ στο Δίστομο. Ηταν γέννημα θρέμμα του χωριού. Με έπαιρνε μαζί του για να τον βοηθήσω, όταν λειτουργούσε στο Στείρι, γιατί δεν υπήρχε παπάς εκεί. Οι γυναίκες μάς έδιναν κατιτίς και, όπως θυμάμαι, όταν γύριζα στο Δίστομο ο παππούλης μού έλεγε «Γιάννη, μη φεύγεις» και μου έδινε χαρτζιλίκι για τον κόπο μου».
Στη συνέχεια ο κ. Μίχας θυμάται τις συγκλονιστικές στιγμές από την ημέρα της σφαγής: «Ο πατέρας μού είχε πει να πάω στα χωράφια να μαζέψω φρύγανα. Ευτυχώς για μένα, οι Γερμανοί δεν πέρασαν το πρωί. Είχα πάρει ένα μονοπάτι να πάω στο χωράφι. Εκεί με συναντά ένας και μου λέει «Γιαννάκο, πού πας, θα σε σκοτώσουν οι Γερμανοί», οι οποίοι δεν είχαν μπει ακόμα στο Δίστομο αλλά πλησίαζαν. Πήγα στον παππού μου στη Δαύλεια και κάθισα εκεί δύο μέρες. Οι πληροφορίες για ό,τι έγινε στο Δίστομο έφτασαν γρήγορα. Οπως μου έχει πει η μάνα μου, οι γυναίκες εκείνα τα χρόνια είχαν εικονοστάσι στα σπίτια. Ετσι και στο δικό μας. Είχαμε το καντηλάκι και κάτι αβγά κόκκινα που κρατάγαμε από το Πάσχα. Μόλις οι Γερμανοί είδανε τα κόκκινα αβγά, φωνάξανε «κομουνίστ, κομουνίστ», πήρανε τον πατέρα μου και τον ξεκοιλιάσανε στην πλατεία μπροστά από ένα καφενείο, μαζί με 218 άτομα. Αγρια πράγματα, ξεκληρίσανε ολόκληρες οικογένειες».
Οι μαρτυρίες όμως για τις φρικαλεότητες στο Δίστομο δεν έχουν τέλος.
Ακόμα μία καταθέτει και ο σπουδαίος μουσικοσυνθέτης Μίκης Θεοδωράκης, ο οποίος παραθέτει σε ένα γαλλικό ντοκιμαντέρ για το Δίστομο όσα του ανέφερε ένας χωροφύλακας ο οποίος έζησε από κοντά τη σφαγή «Θυμάμαι», αναφέρει, «ήταν ένας αξιωματικός της Χωροφυλακής και περιγράφει την εξής σκηνή. Οι Γερμανοί μπήκανε στο σπίτι του παπά, ο οποίος είχε σύζυγο, μια δεκαοκτάχρονη κόρη και άλλα παιδιά. Εγδυσαν τον παπά και την κόρη του. Ολοι οι άλλοι ήταν εκεί. Εκοψαν τα στήθη της κόρης και τα έβαλαν στο στόμα του πατέρα, έκοψαν τα γεννητικά όργανα του πατέρα και τα έβαλαν στο στόμα της κόρης. Μπροστά στην οικογένεια και ύστερα τους σκότωσαν».